O projeto foi descrito num livro de autoria dos norte-americanos Marvin Tokayer, um rabino, e Mary Swartz. Segundo os japoneses idealizadores do "Plano Fugu", a criação dessas colônias de judeus na Manchúria, região ao nordeste da China, poderia representar um impulso econômico nas áreas ocupadas e significar uma aproximação com a comunidade judaica norte-americana. Por conseqüência, melhoraria a imagem do Japão em países ocidentais. Mas os defensores do projeto também viam um lado perigoso na idéia, pois acreditavam em teorias conspiratórias e anti-semitas, o que resultava na crença de que judeus instalados em áreas controladas pelo militarismo japonês poderiam acabar "influenciando e dominando o próprio governo em Tóquio".

Nas décadas de 1920 e 1930, surgiram no Japão os chamados "especialistas em questões judaicas", alguns dos quais acabaram arquitetando o "Plano Fugu". Foram influenciados por panfletos anti-semitas, como o infame Protocolos dos Sábios de Sião, que fala de uma suposta conspiração judaica para "controlar o mundo". A origem exata dessa peça é motivo de polêmica, mas sabe-se que ganhou notoriedade quando publicada na Rússia czarista, no começo do século 20.

No início dos anos 1920, o panfleto anti-semita chegou ao Japão. Uma série de publicações, em 1921, sob o título O Perigo Judaico mostrava a influência de Protocolos dos Sábios de Sião, conforme relatou David Goodman, especialista em estudos japoneses da Universidade de Illinois, nos Estados Unidos. Autor do livro Judeus na mente japonesa: a história e os usos de um estereótipo cultural, o professor Goodman descreveu a maneira como se deu o acesso a esse tipo de texto anti-semita, por meio do contato de soldados enviados por Tóquio para combater na Guerra Civil russa, ao lado dos inimigos da Revolução Bolchevique.

O panfleto Os Protocolos dos Sábios de Sião circulava entre as "tropas brancas", anticomunistas, que combateram o Exército Vermelho de 1918 a 1921. O Japão imperial, com medo da ameaça oriunda da Rússia, enviou mais de 70 mil militares à Sibéria, onde seus soldados entraram em contato com adeptos do antigo regime czarista. O grupo de "especialistas em questões judaicas" que concebeu o "Plano Fugu" incluía, por exemplo, os capitães Koreshige Inuzuka e Norihiro Yasue, que, em 1922, voltaram de sua missão em território siberiano. Junto com outros militares e funcionários do governo, eles alimentaram a idéia de criar, na década de 1930, colônias judaicas na China ocupada, com a intenção de atrair know-how em áreas como indústria e infra-estrutura e também atrair investimentos de judeus de outros países, que, na visão de Inuzuka e Yasue, estariam dispostos a financiar o projeto.

Segundo o professor David Goodman, Koreshige Inuzuka escreveu vários artigos baseados no panfleto Os Protocolos dos Sábios do Sião, mas, em vez de propor a perseguição aos judeus, o militar defendeu que o Japão usasse o suposto "poder judaico" em seu benefício. Em 1931, um ataque do expansionismo japonês atingiu a Manchúria, e foi anunciada então a criação do Manchukuo, um estado-fantoche. O território, com sua importância estratégica por conta da localização próxima à URSS e reservas de matérias-primas como carvão e ferro, atraía estrategistas e militares do Japão que, após a conquista, se deram conta da dificuldade para levantar investimentos que viabilizassem a exploração econômica da área sob ocupação.

Militares como Inuzuka e Yasue passaram a receber apoio de empresários japoneses que acreditaram na possibilidade de atrair investimentos de judeus, em particular dos Estados Unidos. Planos para as colônias passaram a ser rascunhados, escolhendo locais na Manchúria e até mesmo em áreas próximas a Xangai, onde já havia uma presença judaica. Os idealizadores do "Plano Fugu" sustentavam que essas comunidades teriam "liberdade de religião e autonomia cultural e educacional", mas "precisariam ser controladas" para evitar que, de acordo com as teorias conspiratórias, se tornassem uma "ameaça" ao governo japonês.

Segundo o livro do rabino Marvin Tokayer e de Mary Swartz, o Plano Fugu nasceu em 1934 e, em 1938, chegou a ser discutido na "Conferência dos Cinco Ministros", quando alguns dos principais personagens do governo japonês mergulharam no debate sobre o projeto. Os críticos da idéia apontavam como prioridade a aliança com a Alemanha nazista, que se fortalecia às vésperas da 2a Guerra Mundial. O fluxo de judeus rumo ao Extremo Oriente, em especial a Xangai, também prosseguia, num trajeto para escapar da perseguição em solo europeu.